После избрания гетманом Многогрешный пытался проводить политику, направленную на защиту государственных интересов Украины.

Добился, чтобы Киев с округой, несмотря на условия Андрусовского перемирия 1667 г., остался в составе Гетманщины. Опираясь на полки компанейцев, стремился укрепить гетманскую власть, постепенно ослабляя политическую роль казацкой старшины, без которой проводил переговоры, сам оказывал и отбирал военные должности, без суда казнил даже полковников, остро подавлял всякие проявления произвола и непослушания.

Восстановил связи с П. Дорошенко, вел с ним тайные переговоры о возможности перехода Левобережной Украины под протекторат Турции. Такая политика вызывала недовольство как части старшинской верхушки, так и московского правительства.

Поэтому в марте 1672 г. группа амбициозных старшин, среди которых был и будущий гетман И. Самойлович, взаимопонимания с московитами, захватили сонного гетмана и вывезли из Батурина в Москву. Там он был обвинен в измене, в частности за неудовлетворение московской политикой в ​​Украине и сношения с Дорошенко, и после жестоких пыток приговорен к смерти.

Уже во палаческие топором Д. Многогрешного и его брата был помилован, выслан в Сибирь и заключен в Иркутской тюрьме. У1688 г. Д. Многогрешного был уволен после чего он некоторое время находился на военной службе в Забайкалье.

У1696 г. постригся в монахи одного из тамошних монастырей, где и умер.